ฟอลซิสเทอีนใช้หลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นยาละลายเสมหะ ช่วยสลายและทำให้เสมหะในทางเดินหายใจบางลง ทำให้ขับออกจากทางเดินหายใจได้ง่ายขึ้น สิ่งนี้มีประโยชน์อย่างยิ่งในการรักษาโรค เช่น โรคปอดอุดกั้นเรื้อรัง (COPD), หลอดลมอักเสบ และโรคถุงน้ำในปอด (cystic fibrosis) ซึ่งการผลิตเสมหะมากเกินไปสามารถอุดกั้นการหายใจได้ นอกจากนี้ ยังใช้สนับสนุนการทำงานของปอดในผู้ป่วยที่กำลังฟื้นตัวจากโรคติดเชื้อทางเดินหายใจหรือการผ่าตัด คุณสมบัติต้านอนุมูลอิสระยังช่วยปกป้องเนื้อเยื่อปอดจากความเสียหายที่เกิดจากภาวะอักเสบหรือความเครียดจากออกซิเดชัน