Morpholinoacetonitrile ใช้เป็นสารกลางหลักในการสังเคราะห์ยาและสารประกอบอินทรีย์ต่างๆ มีบทบาทสำคัญในการผลิตยาที่กำหนดเป้าหมายภาวะทางระบบประสาทและหัวใจหลอดเลือด โดยมักทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช คุณสมบัติทางเคมีของมันทำให้เหมาะสำหรับการใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษากลไกปฏิกิริยาและพัฒนาสารประกอบเคมีใหม่ๆ