4-Boc-3-morpholinecarboxylic Acid ใช้หลักในการสังเคราะห์ยา โดยสารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ระบบประสาทส่วนกลาง ซึ่งโครงสร้างวงแหวน morpholine มีบทบาทสำคัญในการเพิ่มประสิทธิภาพของยาและการดูดซึมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อปกป้องกลุ่มอะมีนระหว่างปฏิกิริยาเคมีที่ซับซ้อน เพื่อให้มั่นใจในการแปลงแบบเลือกเฉพาะ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการเตรียมยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ โดยช่วยในการประกอบโซ่เปปไทด์แบบควบคุม