(S)-(4-Benzylmorpholin-3-yl)methanol ถูกใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ คุณสมบัติโครงสร้างของมัน รวมถึงวงแหวน morpholine และกลุ่ม benzyl ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีค่าในการพัฒนายาที่มีผลบำบัดที่เป็นไปได้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีความสำคัญในการเตรียมสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท เช่น ยาต้านซึมเศร้าและยาแก้โรคจิต เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับตัวรับเฉพาะในสมอง นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาโมเลกุล chiral โดยที่ stereochemistry ของมันมีบทบาทสำคัญในการเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของผลิตภัณฑ์ยาสุดท้าย การประยุกต์ใช้ยังขยายไปยังการวิจัย โดยใช้ในการศึกษากลไกทางชีวเคมีและการโต้ตอบระหว่างยาและตัวรับ