Homomorpholine hydrochloride ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารตัวกลางที่หลากหลาย มีบทบาทสำคัญในการเตรียมสารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ระบบประสาทและระบบหัวใจและหลอดเลือด โครงสร้างของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อนที่มีผลทางบำบัดที่เป็นไปได้ นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร สนับสนุนการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่ช่วยเพิ่มการป้องกันพืช การประยุกต์ใช้ขยายไปยังสาขาวิทยาศาสตร์วัสดุ ที่ซึ่งใช้ในการสังเคราะห์โพลิเมอร์และสารเคลือบที่มีคุณสมบัติเฉพาะ