(R)-Methyl 2-(morpholin-3-yl)acetate hydrochloride ถูกนำไปใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ คุณสมบัติโครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง สารนี้มักถูกใช้ในการเตรียมโมเลกุลแบบ chiral โดยที่ stereochemistry ของมันมีบทบาทสำคัญในการเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของผลิตภัณฑ์ยาสุดท้าย นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาอนุพันธ์ของ morpholine ซึ่งเป็นที่รู้จักกันในด้านกิจกรรมทางชีวภาพที่หลากหลาย รวมถึงคุณสมบัติต้านการอักเสบ ยาแก้ปวด และต้านจุลินทรีย์ รูปแบบ hydrochloride ช่วยให้มีความละลายและความเสถียรที่ดีขึ้น สนับสนุนการใช้ในปฏิกิริยาเคมีและสูตรต่างๆ