N-Ethyl-2-morpholinoethanamine ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลาง (intermediate) ที่หลากหลายในการผลิตยาเภสัชกรรมต่าง ๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง ซึ่งคุณสมบัติทางโครงสร้างช่วยในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมเฉพาะต่อตัวรับ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร ช่วยในการปรุงสูตรยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช บทบาทในเคมีโพลิเมอร์ก็สำคัญ โดยช่วยในการปรับเปลี่ยนคุณสมบัติของโพลิเมอร์ เพิ่มประสิทธิภาพในการใช้งานอุตสาหกรรม