3-Morpholin-4-yl-propionic acid hydrochloride เป็นสารเคมีที่ใช้หลักในการสังเคราะห์ยาเภสัชกรรมต่างๆ เนื่องจากมีหมู่ morpholine ซึ่งเป็นโครงสร้างที่พบบ่อยในยาหลายชนิด สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพทางรักษา โดยเฉพาะในพัฒนายับยั้ง kinase และยาโมเลกุลเล็กที่เล็งเป้าหมายไปยังเส้นทางชีวเคมีเฉพาะ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเคมีอินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น เพื่อสำรวจสารเคมีใหม่ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ รูปแบบ hydrochloride ช่วยเพิ่มความละลาย ทำให้เหมาะสมสำหรับใช้ในสภาวะปฏิกิริยาน้ำ