5-BenzylMorpholin-3-one ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่กำหนดเป้าหมายไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท มันมีบทบาทในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สำหรับยาที่รักษาอาการเช่น ภาวะซึมเศร้า ความวิตกกังวล และอาการปวดเรื้อรัง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อสร้างอนุพันธ์มอร์โฟลีนชนิดใหม่ ซึ่งถูกสำรวจเพื่อคุณสมบัติทางรักษาที่เป็นไปได้ การประยุกต์ใช้ขยายไปยังห้องปฏิบัติการเคมีอินทรีย์ที่ซึ่งมันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลซับซ้อนในการศึกษาค้นคว้าเคมียารักษา