4-Boc-2-(aminomethyl)morpholine นิยมใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีและยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในขั้นตอนการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันอะมิโน (amino group protection) ด้วยกลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ซึ่งช่วยให้สามารถดำเนินปฏิกิริยาอื่นๆ ได้โดยไม่รบกวนกลุ่มอะมิโน นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้าง morpholine ซึ่งพบการใช้งานในอุตสาหกรรมยา เช่น การพัฒนายาต้านไวรัส ยาต้านมะเร็ง และยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาท เนื่องจาก morpholine เป็นโครงสร้างที่พบได้บ่อยในโมเลกุลของยาที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ