(R)-2-Phenylmorpholine ถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะบล็อกก่อสร้างคีรอลสำหรับการสังเคราะห์ส่วนผสมเภสัชกรรมที่ใช้งานต่างๆ (APIs) โครงสร้างทางสเตอรีโอเคมีของมันทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาที่บริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปที่ระบบประสาทส่วนกลาง มันทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีผลทางบำบัด เช่น ยาต้านซึมเศร้า ยาต้านจิตเภท และยาแก้ปวด นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริกและการเร่งปฏิกิริยา ซึ่งโครงสร้างคีรอลช่วยในการบรรลุเอนานติโอเซเลกทิวิตีสูงในการตอบสนองทางเคมี การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยเกษตรเคมี ที่ซึ่งมันถูกใช้ในการพัฒนายาฆ่าแมลงและวัชยากรคีรอลที่มีประสิทธิภาพดีขึ้นและผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมลดลง