Trans-2,6-dimethylmorpholine ใช้หลัก ๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตรต่าง ๆ โครงสร้างของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะโมเลกุลที่มีวงแหวน morpholine ซึ่งพบได้บ่อยในการออกแบบยา มันมักถูกนำมาใช้ในการพัฒนายาต้านเชื้อรา โดยแกน morpholine ของมันมีส่วนช่วยยับยั้งการสังเคราะห์ ergosterol ในเชื้อรา นอกจากนี้ยังมีประโยชน์ในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง โดยคุณสมบัติทางเคมีของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์เกษตรเหล่านี้ สารประกอบนี้ยังถูกสำรวจในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อเตรียมลิแกนด์คีรัลและตัวเร่งปฏิกิริยา ซึ่งช่วยในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก