3-Isopropylmorpholine ใช้เป็นสารตัวกลางในการสังเคราะห์สารเคมีต่าง ๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี มีบทบาทสำคัญในการผลิตสารออกฤทธิ์สำหรับยา รวมถึงยาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลางและสาขาการรักษาอื่น ๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดศัตรูพืช ซึ่งช่วยเพิ่มการป้องกันพืชผลและประสิทธิภาพการเกษตร โครงสร้างทางเคมีของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยพื้นฐานในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ สามารถสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะได้