2-Phenylmorpholine hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการเตรียมสารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ระบบประสาทส่วนกลาง โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีคุณสมบัติแก้ปวดหรือต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างลิแกนด์สำหรับการศึกษา receptor ช่วยในการสำรวจเส้นทางชีวเคมีและการค้นพบยา บทบาทในการอำนวยความสะดวกในการผลิตโมเลกุลซับซ้อนทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาและการประยุกต์ใช้การวิจัย