2-Ethylmorpholine hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการผลิตยารักษาโรคและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการทางเคมีบางประเภท ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเร็วในการเกิดปฏิกิริยา ในบางกรณียังถูกนำไปใช้ในกระบวนการผลิตพอลิเมอร์และสารเคลือบผิว เพื่อปรับปรุงคุณสมบัติทางกายภาพและเคมีของวัสดุ