2-(4-Methoxyphenyl)morpholine ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตยาที่มีฤทธิ์ทางระบบประสาทและจิตเวช สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสร้างโมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางจิต เช่น ภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการใช้งานในด้านการพัฒนายาต้านการอักเสบและยาแก้ปวด เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีความเฉพาะเจาะจงและสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงได้