(S)-3-(เมทอกซีเมทิล)โมร์โฟลีน ไฮโดรคลอไรด์ เป็นสารประกอบที่ใช้หลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ต่างๆ โครงสร้างแบบ chiral ของมันทำให้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่บริสุทธิ์แบบ enantiomer ซึ่งมักแสดงประสิทธิภาพที่ดีขึ้นและผลข้างเคียงลดลง โดยเฉพาะอย่างยิ่งใช้ในการผลิตยาต้านไวรัสบางชนิดและยาที่เล็งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้าและยารักษาโรคทางจิตเวช นอกจากนี้ วงแหวนโมร์โฟลีนช่วยเพิ่ม bioavailability และความเสถียรทางเมแทบอลิซึมในสูตรยา สารประกอบนี้ยังถูกสำรวจในงานวิจัยสำหรับการพัฒนายารักษาใหม่ๆ โดยเฉพาะในพื้นที่ที่ต้องการการปรับตัวรับแบบเลือกเพศ และมีบทบาทในการวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อศึกษากลไกการออกฤทธิ์ของสารต่างๆ ในร่างกาย