(S)-3-(4-Fluorophenyl)morpholine hydrochloride ใช้ในการวิจัยทางเภสัชวิทยาและเคมีทางการแพทย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้าและยารักษาโรควิตกกังวล เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีฟลูออรีนและโมเลกุล morpholine ช่วยให้สารนี้มีศักยภาพในการจับกับตัวรับในสมองได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อประเมินความเป็นไปได้ในการใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาชนิดใหม่ที่มีฤทธิ์เฉพาะเจาะจงมากขึ้น