(R)-Morpholin-3-ylmethanol hydrochloride ถูกนำมาใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีและยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในขั้นตอนการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนซึ่งเกี่ยวข้องกับการพัฒนายาใหม่ๆ สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในปฏิกิริยาเคมี เพื่อสร้างโครงสร้างทางเคมีที่เฉพาะเจาะจง ซึ่งอาจมีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส หรือยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาท นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษากลไกการทำงานของสารต่างๆ และพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ที่ประสิทธิภาพสูงขึ้น