(R)-2-Methylmorpholine hydrochloride ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยและพัฒนายาในฐานะ chiral building block โดยมีบทบาทสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีความบริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิต active pharmaceutical ingredients (APIs) ที่ stereochemistry มีความสำคัญต่อประสิทธิภาพและความปลอดภัย สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนที่มีความบริสุทธิ์ทางแสงสูง นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในเคมีอินทรีย์ในฐานะ reagent สำหรับการปรับโครงสร้างเปปไทด์และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ เพื่อเสริมสร้างคุณสมบัติทางเภสัชวิทยา การใช้งานยังขยายไปสู่การพัฒนา agrochemicals ซึ่งมีส่วนช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรสูงกว่า