(R)-tert-Butyl 3-cyanomorpholine-4-carboxylate ใช้หลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่าง ๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าโรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด สารประกอบนี้มักใช้ในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก ซึ่งจุดศูนย์คิรัลของมันมีบทบาทสำคัญในการผลิตสารบริสุทธิ์แบบเอ็นแอนติโอเมอร์ นอกจากนี้ยังเป็นบล็อกก่อสร้างในการเตรียมอนุพันธ์มอร์โฟลีน ซึ่งถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในเคมีเภสัชกรรมเนื่องจากคุณสมบัติทางชีวภาพและเภสัชจลนศาสตร์ การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่การวิจัยและพัฒนา ซึ่งช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่