Ro 41-1049 hydrochloride ถูกใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์เป็นตัวยับยั้งที่เลือกเฉพาะและมีประสิทธิภาพสูงของเอนไซม์ monoamine oxidase A (MAO-A) การประยุกต์ใช้นี้มีความสำคัญในงานศึกษาที่มุ่งเน้นบทบาทของ MAO-A ในความผิดปกติทางระบบประสาทและจิตเวช เช่น ภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล โดยการยับยั้ง MAO-A ช่วยให้นักวิจัยเข้าใจผลกระทบของเอนไซม์ต่อระดับสารสื่อประสาท โดยเฉพาะเซโรโทนิน นอร์อิพิเนฟริน และโดปามีน ซึ่งมีความสำคัญต่อการควบคุมอารมณ์ นอกจากนี้ยังใช้ในงานศึกษาก่อนคลินิกเพื่อสำรวจผลกระทบทางบำบัดที่เป็นไปได้ของการยับยั้ง MAO-A ในภาวะสุขภาพจิตต่างๆ ความจำเพาะของสารนี้ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการตรวจสอบเส้นทางชีวเคมีที่เกี่ยวข้องกับความผิดปกติเหล่านี้