Mofegiline hydrochloride ใช้หลักในการวิจัยด้านประสาทวิทยาศาสตร์และเภสัชวิทยา เนื่องจากมีบทบาทเป็นสารยับยั้งแบบเลือกเพศและไม่อาจย้อนกลับของเอ็นไซม์โมโนเอมีนออกซิเดสชนิดบี (MAO-B) คุณสมบัตินี้ทำให้มีคุณค่าในการวิจัยที่มุ่งเน้นการทำความเข้าใจโรคเสื่อมถอยของระบบประสาท โดยเฉพาะโรคพาร์กินสัน ซึ่งการยับยั้ง MAO-B สามารถช่วยรักษาระดับโดปามีนในสมอง นอกจากนี้ยังมีการศึกษาฤทธิ์ป้องกันเซลล์ประสาทที่อาจช่วยชะลอความก้าวหน้าของโรคดังกล่าว การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยโรคทางอารมณ์และภาวะซึมเศร้า เนื่องจากการยับยั้ง MAO-B มีผลต่อการควบคุมสารสื่อประสาท ในสภาพแวดล้อมการทดลอง มันทำหน้าที่เป็นเครื่องมือในการสำรวจเส้นทางชีวเคมีที่เกี่ยวข้องกับการเผาผลาญโมโนเอมีนและความเครียดจากออกซิเดชัน