1-Methoxy-3-(trifluoromethoxy)benzene ใช้หลักๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นสารกลางในการผลิตสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างของมันซึ่งมีทั้งกลุ่มเมทอกซีและไตรฟลูออโรมเมทอกซี ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร กลุ่มไตรฟลูออโรมเมทอกซีเป็นที่รู้จักในความสามารถในการเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมของโมเลกุล ทำให้สารเคมีนี้มีประโยชน์ในการออกแบบยาและสารกำจัดศัตรูพืช นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสังเคราะห์โพลิเมอร์พิเศษหรือสารเคลือบ ซึ่งคุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์สามารถมอบลักษณะเฉพาะ เช่น ความต้านทานต่อการย่อยสลายหรือประสิทธิภาพที่ดีขึ้นในสภาวะสุดขั้ว