ชุดทดสอบโปรโตเพคตินใช้ในการวัดปริมาณโปรโตเพคตินในตัวอย่างพืช ซึ่งเป็นสารตั้งต้นของเพคตินที่มีบทบาทสำคัญในโครงสร้างของผนังเซลล์พืช การใช้งานหลักของชุดทดสอบนี้คือเพื่อประเมินคุณภาพและความสุกของผลไม้ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมอาหารและการเกษตร การทราบปริมาณโปรโตเพคตินช่วยในการกำหนดเวลาการเก็บเกี่ยวที่เหมาะสม และควบคุมกระบวนการแปรรูปอาหาร เช่น การทำเยลลี่ แยม หรือน้ำผลไม้ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษาการเปลี่ยนแปลงของผนังเซลล์พืชในช่วงการเจริญเติบโตและการสุกของผลไม้