เมทิลไฮโดรเจนมาโลเนตใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ ในอุตสาหกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและยาฆ่าแมลง นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมยาเพื่อเป็นส่วนประกอบในการสังเคราะห์ยาบางชนิด ในวงการวิจัยและพัฒนายังใช้เป็นสารทดลองในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีเพื่อพัฒนาสารใหม่ๆ ที่มีศักยภาพในการใช้งานหลากหลาย