BI-78D3 ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีเนื่องจากบทบาทของมันในฐานะตัวยับยั้งแบบเลือกสรรของ JNK (c-Jun N-terminal kinase) การประยุกต์ใช้นั้นมีความสำคัญในการศึกษากลไกการส่งสัญญาณในเซลล์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่เกี่ยวข้องกับการตอบสนองต่อความเครียด, apoptosis, และการอักเสบ นักวิจัยใช้มันเพื่อสืบสวนกลไกของโรคต่างๆ เช่น โรคเสื่อมถอยของระบบประสาท, มะเร็ง, และภาวะภูมิต้านทานตัวเอง โดยการยับยั้งกิจกรรมของ JNK, BI-78D3 ช่วยในการทำความเข้าใจหน้าที่ของโปรตีนและศักยภาพในฐานะเป้าหมายการรักษา นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในกระบวนการค้นพบยาเพื่อประเมินประสิทธิภาพของสารประกอบใหม่ที่มุ่งเป้าไปที่เส้นทางที่เกี่ยวข้องกับ JNK