สาร PD98059 ถูกใช้เป็นตัวยับยั้งเส้นทางสัญญาณเซลล์ที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนคินาส MEK1 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของเส้นทาง MAPK/ERK ที่มีบทบาทสำคัญในการควบคุมการเจริญเติบโต การแบ่งเซลล์ และการอยู่รอดของเซลล์ จึงนิยมใช้ในงานวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุลและชีววิทยาของเซลล์เพื่อศึกษาบทบาทของเส้นทางสัญญาณนี้ โดยเฉพาะในการศึกษาเกี่ยวกับการเกิดมะเร็ง การอักเสบ และกระบวนการที่เกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงของเซลล์ ในงานทดลอง สารนี้ช่วยยับยั้งการฟอสโฟรีเลตของ ERK1/2 ทำให้สามารถวิเคราะห์ผลกระทบจากการปิดกั้นเส้นทางนี้ได้อย่างชัดเจน นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาเกี่ยวกับการพัฒนาของโรคทางระบบประสาท และการตอบสนองของเซลล์ต่อสิ่งเร้าต่าง ๆ เช่น ความเครียดจากออกซิเจนหรือสารกระตุ้นการอักเสบ อย่างไรก็ตาม สาร PD98059 ไม่ได้ถูกใช้ในทางการแพทย์สำหรับผู้ป่วยโดยตรง เนื่องจากมีข้อจำกัดด้านความเสถียรและประสิทธิภาพในการดูดซึมของเซลล์ในร่างกาย แต่ยังคงเป็นเครื่องมือสำคัญในห้องปฏิบัติการสำหรับการวิจัยพื้นฐานเกี่ยวกับสัญญาณในเซลล์