PD98059 ใช้เป็นสารยับยั้งเส้นทางสัญญาณเซลล์ที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนคินาส MEK1 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของเส้นทาง MAPK/ERK ที่มีบทบาทสำคัญในการควบคุมการแบ่งตัว การเจริญเติบโต และการอยู่รอดของเซลล์ จึงถูกนำมาใช้ในการศึกษาวิจัยทางชีววิทยาของเซลล์ โดยเฉพาะในการวิจัยเกี่ยวกับการเติบโตของเซลล์มะเร็ง การแพร่กระจายของเซลล์เนื้องอก และการตายของเซลล์แบบโปรแกรม (apoptosis) นอกจากนี้ยังใช้เพื่อทำความเข้าใจบทบาทของเส้นทาง MAPK ในการอักเสบ โรคระบบประสาท และภาวะต้านทานต่อการรักษาในผู้ป่วยมะเร็ง ทำให้ PD98059 เป็นเครื่องมือสำคัญในห้องปฏิบัติการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา