ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาของซูซูกิ (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบอาริลโบโรเนตและฮาไรด์อาริล สารนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลาง (intermediate) ที่มีหมู่โบโรเนตที่เสถียร ช่วยให้สามารถนำไปใช้ต่อในปฏิกิริยาต่าง ๆ ได้ง่าย โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารประกอบที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น สารที่มีศูนย์กลางเป็นฟีนิลหรือมีหมู่ฟังก์ชันที่ต้องการเฉพาะเจาะจง โครงสร้างที่มีโมเลกุลของโมร์โฟลินยังช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายในตัวทำละลายขั้ว และอาจมีผลต่อการออกฤทธิ์ทางชีวภาพในบางกรณี