ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะยับยั้งคินาสสำหรับการรักษามะเร็ง และโมเลกุลชีวภาพที่กำหนดเป้าหมายการอักเสบและโรคเสื่อมถอยของระบบประสาท โครงสร้างอินดาโซลช่วยให้โต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวโมเลกุลได้ดี ในขณะที่ตำแหน่งไอโอดีนที่ทำปฏิกิริยาได้ช่วยในการปรับแต่งแบบเลือกสรร รวมถึงปฏิกิริยาถ่ายโอนไอโอดีนสำหรับสารอนุพันธ์ในงานถ่ายภาพทางการแพทย์และการทำเครื่องหมายรังสีสำหรับการวินิจฉัย ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้นและปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อม นิยมใช้ในเคมียารักษาโรคสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เนื่องจากแกนอะโรมาติกที่เสถียร