ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านซึมเศร้า หรือยากระตุ้นการทำงานของสมอง นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการพัฒนายาที่มีฤทธิ์ต่อต้านการอักเสบและมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของอินดาโซลมีศักยภาพในการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์บางชนิดที่เกี่ยวข้องกับโรคเหล่านี้ จึงนิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อสร้างสารใหม่ที่มีคุณสมบัติทางเภสัชภาพ