ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเลือกในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมในยาตัวสมัคร มักใช้ในเคมียารักษาเพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่ต้องการโมทิฟ aryl difluorinated นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อออกแบบโมเลกุลชีวภาพที่มีความเสถียรต่อสิ่งแวดล้อมที่ดีขึ้น