ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยารักษามะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยในการสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานที่มี bioavailability และความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่เพิ่มขึ้น นิยมใช้ในเคมียารักษาเพื่อสร้างฮีเทอโรไซคลิกที่มีไนโตรเจนและเอมีนที่ถูกฟังก์ชันนัไลซ์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมตัวยับยั้ง kinase และตัวยับยั้ง protease ใหม่ เนื่องจากมี reactivity ที่ดีและเข้ากันได้กับปฏิกิริยาการจับคู่ต่างๆ โดยฟลูออรีนในโครงสร้างช่วยเพิ่มการดูดซึมและความเสถียร