ใช้ในงานสังเคราะห์สารประกอบทางเคมี โดยเฉพาะในงานพัฒนายาและสารชีวภาพ เนื่องจากหมู่ซัลโฟนิลฟลูออไรด์มีความสามารถในการทำปฏิกิริยากับหมู่อะมิโนหรือหมู่ไฮดรอกซิลในโปรตีนและสารชีวโมเลกุลอื่น ๆ ทำให้สามารถใช้เป็นตัวทำปฏิกิริยา (reagent) ในการจับกับเป้าหมายเฉพาะในระบบชีวภาพได้ จึงมีประโยชน์ในงานวิจัยด้านโปรตีโอมิกส์และการค้นหายาใหม่ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างสารอนุพันธ์ที่มีโครงสร้างพิริดีนสำหรับศึกษาคุณสมบัติทางชีวภาพ