ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกลุ่มของยาที่มีโครงสร้างพิเพอร์ราซีนเป็นแกนหลัก ซึ่งมักพบในยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการทางจิต ยาต้านอาการซึมเศร้า และยาปรับสมดุลทางอารมณ์ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีทางการแพทย์เพื่อพัฒนาสารที่มีฤทธิ์ยับยั้งเอนไซม์เป้าหมายเฉพาะ โดยโครงสร้างไฮดรอกซีพิริมิดีนช่วยเพิ่มความสามารถในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ ทำให้สารนี้มีความสำคัญในขั้นตอนการคัดเลือกและปรับแต่งโครงสร้างของยาใหม่