ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง โครงสร้างของมันสนับสนุนการออกแบบโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ เนื่องจากมีทั้งกลุ่มฟังก์ชันอะมิโนและคาร์บอนิล ซึ่งช่วยอำนวยในการจับกับบริเวณออกฤทธิ์ของเอนไซม์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมโพรบเรืองแสงและสีย้อม โดยแกน isoindolinone ช่วยเพิ่มความเสถียรต่อแสงและคุณสมบัติการปล่อยแสง นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยสำหรับการสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อนในเคมียารักษาโรค