5-Iodo-indirubin-3'-monoxime ใช้หลักในการวิจัยทางชีวการแพทย์ โดยเป็นสารยับยั้งที่แรงต่อ glycogen synthase kinase-3 (GSK-3 โดยเฉพาะ GSK-3β) และ cyclin-dependent kinases (CDKs) มีการศึกษาอย่างกว้างขวางสำหรับศักยภาพในการรักษาโรคเสื่อมถอยของระบบประสาท เช่น อัลไซเมอร์ โดยการปรับการ phosphorylate ของโปรตีน tau นอกจากนี้ยังมีแนวโน้มในงานวิจัยมะเร็งเนื่องจากความสามารถในการเหนี่ยวนำ apoptosis และยับยั้งการแบ่งตัวของเซลล์มะเร็งหลายชนิด การประยุกต์ใช้ยังรวมถึงการศึกษากลไก Wnt signaling pathway ซึ่งสำคัญในชีววิทยาการพัฒนาและกระบวนการเซลล์ สารนี้ยังถูกสำรวจสำหรับคุณสมบัติต้านการอักเสบ ทำให้เป็นผู้สมัครสำหรับการแทรกแซงทาง درمانیในโรคอักเสบ