เมอิโซอินดิโกใช้ในการรักษาโรคมะเร็งเม็ดเลือดขาวชนิดเรื้อรัง (Chronic Myeloid Leukemia - CML) โดยมีกลไกการออกฤทธิ์ที่ช่วยยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังมีการศึกษาที่แสดงถึงประสิทธิภาพในการรักษาโรคมะเร็งอื่นๆ เช่น มะเร็งลำไส้ใหญ่ และมะเร็งต่อมลูกหมาก อย่างไรก็ตาม การใช้เมอิโซอินดิโกควรอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงที่ต้องเฝ้าระวัง เช่น อาการคลื่นไส้ อาเจียน หรือภาวะโลหิตจาง