6-(Pyridin-3-yl)pyrimidin-4-amine มีการประยุกต์ใช้ที่สำคัญในสาขาเคมีเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งไคเนส (kinase inhibitors) โครงสร้างของสารนี้มักถูกใช้เป็นโครงสร้างหลัก (core scaffold) ในการออกแบบสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังไคเนสเฉพาะเจาะจงที่เกี่ยวข้องกับโรคต่างๆ รวมถึงมะเร็งและโรคอักเสบ ความสามารถในการโต้ตอบกับตำแหน่งจับ ATP ของไคเนสทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างยับยั้งที่แรงและเลือกสรรได้

ในการค้นคว้ายา สารเคมีนี้ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์ยาโมเลกุลเล็กที่มุ่งปรับเปลี่ยนเส้นทางส่งสัญญาณ (signaling pathways) ที่ผิดปกติในภาวะทางพยาธิวิทยา ส่วนของไพรีมีดีนและไพรีดีนในโครงสร้างช่วยเพิ่มความสัมพันธ์ในการจับและความจำเพาะ ทำให้เป็นสารกลางที่หลากหลายสำหรับการปรับปรุงยาความเข้มข้น นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในงานทดลองชีวเคมีเพื่อศึกษากิจกรรมของไคเนสและคัดกรองยาที่มีศักยภาพ

นอกเหนือจากบทบาทในการพัฒนายา 6-(Pyridin-3-yl)pyrimidin-4-amine ยังถูกสำรวจในงานวิจัยทางวิชาการเพื่อทำความเข้าใจด้านโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีนไคเนส การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการออกแบบโพรบและเครื่องมือสำหรับการตรวจสอบกลไกการส่งสัญญาณในเซลล์ ซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับชีววิทยาของโรคและการแทรกแซงทางรักษา