5-Bromo-2-fluorobenzimidamide ใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase ซึ่งมีความสำคัญในการรักษามะเร็ง มันทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์อินทรีย์ สนับสนุนการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีศักยภาพในการบำบัด โครงสร้างของมันมีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการออกแบบยาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษากลไกชีวเคมีและพัฒนาการรักษาใหม่สำหรับโรคต่าง ๆ