2,6-ไดฟลูออโรไพริดีน-3,4-ไดเอมีน ใช้หลักในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่าง ๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าต่อการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ โดยเฉพาะในการสร้างสารยับยั้งคีนาส ซึ่งสารยับยั้งเหล่านี้จำเป็นต่อการรักษาโรคต่าง ๆ เช่น มะเร็ง โดยช่วยควบคุมการเจริญเติบโตและการแบ่งตัวของเซลล์ นอกจากนี้ สารเคมีนี้ยังถูกใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตรกรรม สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ ๆ ที่ปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและโรค แอตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและปฏิกิริยาของสารประกอบที่มันสร้างขึ้น ทำให้เป็นหน่วยพื้นฐานที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ทั้งสำหรับการแพทย์และการเกษตร