ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาต้านการอักเสบชนิดไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นสารระหว่างกลางในการผลิตยาที่มีโครงสร้างจากนาฟทาลีน เช่น นาโปรกซ์เซน (Naproxen) ซึ่งเป็นยาแก้ปวด ลดไข้ และลดการอักเสบ สารนี้ช่วยเพิ่มความคงตัวและประสิทธิภาพของโมเลกุลยา เนื่องจากหมู่ไตรฟลูโอโรช่วยปรับปรุงการดูดซึมและการคงอยู่ของยาในร่างกาย นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายาใหม่ที่มีฤทธิ์เฉพาะเจาะจงและผลข้างเคียงน้อย นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบอินทรีย์ฟลูออรีน โดยหมู่ไตรฟลูออโรมิทิลช่วยเพิ่มความชอบไขมัน (lipophilicity) และความต้านทานต่อการเสื่อมสลายจากการออกซิเดชัน