ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพและยารักษา หมู่ทริฟลูออร์เมทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและลิโพฟิลิก ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาเพื่อปรับปรุงการดูดซึมและประสิทธิภาพของยา ใช้อย่างแพร่หลายในการเตรียมยาต้านการอักเสบ ยาต้านไวรัส และยาสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังนำมาใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีเพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช เนื่องจากคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และ steric ที่ดีซึ่งเกิดจากหมู่แทนที่ฟลูออรีน