(3S,4R)-Tofacitinib ใช้หลักในการรักษาโรคภูมิต้านตนเอง โดยเฉพาะโรคข้ออักเสบรูมาตอยด์ (Rheumatoid Arthritis) โดยยับยั้งเอนไซม์ Janus kinase (JAK) ซึ่งมีบทบาทสำคัญในกระบวนการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกัน การยับยั้งนี้ช่วยลดการอักเสบและชะลอการลุกลามของความเสียหายต่อข้อต่อในผู้ป่วยโรคข้ออักเสบรูมาตอยด์ นอกจากนี้ยังมีประสิทธิภาพในการจัดการโรคข้ออักเสบสะเก็ดเงิน (Psoriatic Arthritis) ซึ่งเป็นภาวะที่ทำให้เกิดอาการปวดและบวมที่ข้อต่อในผู้ป่วยโรคสะเก็ดเงิน Tofacitinib ยังได้รับการรับรองสำหรับการรักษาโรคลำไส้ใหญ่และลำไส้เล็กอักเสบเรื้อรังชนิด ulcerative colitis โดยช่วยควบคุมอาการและทำให้เข้าสู่ภาวะทุเลาโดยการปรับเปลี่ยนระบบภูมิคุ้มกัน ในบางกรณี ใช้แบบ off-label สำหรับโรคภูมิต้านตนเองอื่นๆ เพื่อให้ความโล่งใจเมื่อการรักษาแบบดั้งเดิมล้มเหลว การบริหารยาทางปากทำให้เป็นทางเลือกที่สะดวกแทนยาฉีด biologics ช่วยปรับปรุงการปฏิบัติตามของผู้ป่วยและคุณภาพชีวิต