ไอโซซาโซลิดีนไฮโดรคลอไรด์ถูกนำมาใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาต้านจุลินทรีย์และยาต้านไวรัส ซึ่งช่วยในการสร้างยาที่ต่อสู้กับเชื้อแบคทีเรียและไวรัสที่ดื้อยา นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการผลิตยาต้านการอักเสบ ช่วยจัดการกับภาวะอักเสบเรื้อรัง ในงานวิจัยทางเกษตรเคมี สารประกอบนี้ถูกสำรวจสำหรับศักยภาพในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ ซึ่งนำเสนอทางแก้ไขสำหรับการป้องกันพืชและเพิ่มผลผลิต ความหลากหลายในการทำปฏิกิริยาเคมีทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์ ช่วยในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการประยุกต์ใช้ที่หลากหลาย