5-Amino-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]isoxazole ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพในการต้านการอักเสบ ต้านจุลชีพ และต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงและวัชอุทัยชนิดใหม่ เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ นอกจากนั้นยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในเคมีอินทรีย์สำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีกลุ่ม trifluoromethyl ซึ่งมักมีความสำคัญในการออกแบบยาเพื่อเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ