กรด 3-(3-เมทอกซีอิโซซอกซาซอล-5-อิล)โพรพาโนอิก มีการประยุกต์ใช้ในสาขาการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในฐานะบล็อกก่อสร้างสำหรับการพัฒนาโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น มักถูกนำมาใช้ในการเตรียมสารกลางทางเภสัชกรรมเนื่องจากโครงสร้างที่ไม่เหมือนใคร ซึ่งสามารถมีส่วนช่วยในการออกฤทธิ์ทางชีวภาพของสารประกอบสุดท้าย นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยที่วงแหวนอิโซซอกซอลของมันสามารถมอบคุณสมบัติเฉพาะให้กับยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืช สารประกอบนี้ยังถูกสำรวจในสถานที่วิจัยสำหรับการพัฒนาวัสดุใหม่ๆ รวมถึงโพลิเมอร์และสารเคลือบผิว ซึ่งกลุ่มฟังก์ชันของมันสามารถเสริมสร้างลักษณะการทำงาน