ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพซึ่งมีศักยภาพในการต้านการอักเสบและต้านมะเร็ง โครงสร้างของสารนี้สนับสนุนการดัดแปลงเพื่อใช้ในการวิจัยเคมียา โดยเฉพาะในการสร้างคลังสารประกอบสำหรับคัดกรองต่อเป้าหมายทางชีวภาพต่างๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมระบบเฮเตอร์โรไซคลิกที่สำคัญในการค้นพบยา เนื่องจากแกนไอโซซอกซาโซลมีเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและโปรไฟล์เภสัชจลนศาสตร์ที่เหมาะสม