ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารเคมีเกษตรและโมเลกุลชีวภาพ โครงสร้างของมันช่วยในการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกที่ซับซ้อนมากขึ้น ซึ่งมีคุณสมบัติต้านเชื้อราและกำจัดแมลงที่เป็นไปได้ ใช้กันทั่วไปในเคมียารักษาเพื่อปรับเปลี่ยนโครงสร้างหลักให้เพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสามารถในการจับมัด นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อออกแบบสารประกอบไอโซซอกโซลใหม่ที่มุ่งเป้าการยับยั้งเอนไซม์